(1) odabir opreme. Postoje neki problemi pri odabiru farmaceutske opreme, kao što su odabir na osnovu iskustva (bez stvarnog proračuna ili nedovoljnog proračuna podataka), slijepa težnja za napretkom i nedovoljno istraživanje fizičkih podataka, što ozbiljno utiče na praktičnost i ekonomičnost opreme.

(2) instalacija opreme i obuka. U procesu instalacije farmaceutske opreme, često se obraća pažnja na napredak izgradnje, zanemarujući kvalitet izgradnje, što dovodi do povećanja troškova održavanja opreme u kasnijem periodu. Pored toga, neadekvatna obuka osoblja za održavanje i rukovanje opremom također predstavlja rizik za upravljanje i održavanje farmaceutske opreme.

(3) nedovoljna ulaganja u upravljanje i održavanje informatizacije. Iako danas mnoga preduzeća pridaju veliki značaj upravljanju i održavanju opreme, kao i upravljanju evidencijom održavanja opreme i evidentiranju osnovnih parametara, neki problemi i dalje postoje, kao što su teškoće u pružanju kontinuiranih podataka o održavanju, nedostatak efikasnih informacija o specifikacijama farmaceutske opreme, kao što su specifikacije, crteži itd., što nevidljivo povećava teškoće upravljanja, održavanja i rekonstrukcije opreme.

(4) sistem upravljanja. Nedostatak efikasnog sistema i metoda upravljanja rezultira nedovoljnim upravljanjem osobljem za održavanje farmaceutske opreme, nedostatkom standardizacije rada osoblja za održavanje, što dovodi do skrivenih sigurnosnih opasnosti u upravljanju farmaceutskom opremom i procesima održavanja.